Rijeke Estonije vrlo su male i među sedam stotina rijeka u zemlji, samo se devet može pohvaliti da je prešlo granicu od sto kilometara.
Rijeka Piusa
Piusa prolazi teritorijima dviju država - Republike Estonije i Rusije. Ukupna duljina korita rijeke je devedeset tri kilometra. Podjela je sljedeća: Estonija posjeduje osamdeset kilometara Piusa; udio ruskog teritorija iznosio je malih trinaest kilometara. Ukupna površina sliva iznosi 796 četvornih kilometara.
Izvor rijeke nalazi se na estonskom zemljištu u vodama jezera Alasjärv (selo Villa, smješteno u smjeru jugozapada od sela Vastseliina - dvanaest kilometara). Ušće rijeke ogledalo je Peipsi jezera, nedaleko od sela Budovizh. Na ušću se Piusu dijeli te se u jezero ulijeva u dva kraka.
Srednji tok rijeke - osamnaest kilometara između sela Vastseliina i Saetamme - prolazi uz prekrasnu šupljinu. Ona je postala mjesto gdje je organiziran rezervat. Osnovana je 1965. godine i obuhvaća područje ukupne površine preko devet četvornih kilometara.
Rijeka Võhandu
Võhandu je najduži plovni put u republici. Njegova ukupna duljina jednaka je sto šezdeset dva kilometra. Izvor Võhandu nalazi se u blizini estonskog naselja Saverna. Nakon toga prolazi kroz dubine jezera Jiksi i dovršava putovanje povezujući se s vodama Toplog jezera. To se događa nedaleko od sela Võõpsu.
Znakovito je da stanovnici prije jezera Vagula ovu rijeku zovu Pyhajõgi, ali nakon izlaska iz njezinih voda - Voo.
Plovila plove uz rijeku duž dionice omeđene Peipsi jezerom i lukom koja se nalazi na području sela Võõpsu. Brojni potoci glavni su opskrbljivači vode Võhandu.
Rijeka Parnu
Pärnu je estonska rijeka ukupne duljine sto četrdeset i četiri kilometra. Ukupna površina sliva je gotovo sedam četvornih kilometara. Izvor rijeke je minijaturno jezero izvorskog podrijetla (nedaleko od Roosno-Alliku), ali završava rutu Pärnu, ulijevajući se u vode Zaljeva Pärnus (dio Riškog zaljeva, područje Baltičkog mora).
Rijeka se hrani mješovito. A ako u gornjim krajevima podzemne vode postanu dobavljači, onda su u donjem dijelu kiše. Rijeka se zimi ne smrzava uvijek. Ako se to dogodi, tada se led stvara otprilike od druge dekade prosinca i traje do kraja ožujka.
Rijeka je plovna samo u blizini mjesta ušća. Korito rijeke blokirano je branama na jedanaest mjesta.
