Vologda se nalazi na desnoj obali istoimene rijeke, koja je drevni plovni put koji je povezivao ovaj grad kroz slivove rijeka Sukhona i Sheksna s Arkhangelskom.
Prvi put u povijesnim izvorima grad se spominje u XII stoljeću. U 15. stoljeću Vologdom je upravljao Veliki Novgorod. Od 1462. dvadeset godina Vologda je bila središte apanažne kneževine, ali je od 1481. pala pod vlast Moskovske kneževine, čiji je vladar tada bio Ivan III.
Godine 1565. Ivan Grozni odlučio je u Vologdi postaviti svoju drugu opričninsku rezidenciju. Htio je ovdje sagraditi kameni Kremlj i tvrđavu. Tisuće obrtnika i seljaka protjerano je u Vologdu, a gradnju je vodio engleski inženjer H. Locke. U planu, Kremlj je bio pravokutnik. Na sjevernoj strani štitila ga je rijeka Vologda, a s obje strane iskopan je rov s vodom. No, napad krimskog kana 1571. i kuga koja je započela u Vologdi prisilili su Ivana IV. Da se vrati u Moskvu. Odlaskom kralja gradnja je prestala.
Zbog nepostojanja ozbiljnih utvrda, Vologda je jako patila od invazije poljsko-litvanske vojske 1612. godine. No grad je brzo obnovljen pa je čak i premašio svoju nekadašnju veličinu. Do kraja 17. stoljeća povijesno središte Vologde sastojalo se od četiri dijela: grada, Verkhniy Posada, Nizhniy Posada i Zarechye. Međutim, početkom 18. stoljeća gospodarski položaj Vologde donekle je oslabio zbog osnivanja Sankt Peterburga i razvoja trgovine na Baltičkom moru.
Godine 1708. Vologda je uključena u regiju Arkhangelsk. No već je 1719. grad postao središte Vologdske pokrajine, a 1796. - središte Vologdske pokrajine, koja je postojala do 1929. godine.
U 19. stoljeću grad je postao mjesto političkog izgnanstva za mnoge pripadnike inteligencije. Godine 1918. Vologda je 5 mjeseci igrala ulogu "diplomatske prijestolnice" Rusije. Nakon sklapanja Brestskog mirovnog ugovora, privremeno su se ovamo preselila veleposlanstva i misije 11 velikih država, osobito: SAD -a, Velike Britanije, Francuske, Japana, Kine, Brazila itd.
Sada je Vologda popularno turističko središte koje posjećuju i Rusi i strani turisti.
