Povijest Ufe seže u peto stoljeće. Vjerojatno se u to vrijeme na području moderne Ufe nalazilo srednjovjekovno naselje. Među najvećim gradovima Zlatne Horde, izvanredni arapski autor četrnaestog stoljeća, Ibn Khaldun, nazvao je grad Bashkort (Bashgird). Provodeći usporednu analizu drevnih karata i oznaka, povjesničari dolaze do zaključka da se na mjestu spomenutog starog grada nalaze sadašnja Ufa.
Službeni status grada
U šesnaestom stoljeću na području današnje Ufe nalazilo se zimsko sjedište guvernera Nogajske Horde, Tura Khana. Nakon što je dio Baškortostana ušao u Moskovsko kraljevstvo (1557), lokalno stanovništvo obratilo se Ivanu IV s prijedlogom da se na njihovim zemljama izgradi grad.
U šesnaestom stoljeću (1574.) izgrađena je tvrđava u blizini rijeke Sutoloka, to jest tvrđava, a mjesto se počelo nazivati okrugom Ufa, a Ufa je postala njegovo središte. Zatvor u Ufi izgrađen je pod vodstvom Ivana Nagya. Kasnije poslan iz glavnog grada, Mihail Nagoj bio je prvi vojvoda okruga, vodio je službenu kolibu u Ufi (pod svojim je zapovjedništvom imao dvjesto strijelaca).
Nakon izgradnje gradskih zidina, tvrđava je postala poznata kao Kremlj. Kao dodatna zaštita, oko nje je izgrađena ograda od čvrstih balvana čvrsto zabijenih jedan do drugog, a na dvije suprotne strane konstrukcije, u sjevernom i južnom dijelu, podignut je hrastov toranj.
U osamnaestom stoljeću grad je bio pogođen Seljačkim ratom, ustanak je ugušen. Nakon toga, Ufa se spojila s pokrajinom Kazan, nešto kasnije - s provincijom Orenburg. Početkom 19. stoljeća lokalne vlasti bavile su se urbanističkim planiranjem. Arhitekt V. Geste nacrtao je plan proširenih ulica grada. Ulica Bolshaya Kazanskaya dovedena je do budućeg Gostiny Dvora i Trga Verkhne-Torgovaya.
Dvadeseto stoljeće
U srpnju 1922., odlukom Sveruskog središnjeg izvršnog odbora, provincija Ufa je ukinuta. U 20-30-im godinama prošlog stoljeća grad se počeo brzo razvijati. Bruto industrijska proizvodnja porasla je 16 puta. Tijekom Velikog Domovinskog rata nekoliko desetaka industrijskih poduzeća evakuirano je u Ufu. Ovdje je evakuirano i nekoliko istraživačkih instituta.
U vezi s povećanjem proizvodnje nafte nakon rata, u Ufi su izgrađene velike rafinerije nafte, aktivno se razvijala strojogradnja i kemijska industrija.
