Jedan je od najstarijih gradova u srednjoj Aziji. Duga povijest Buhare ostavila je svoje artefakte u gradu, a najraniji nalazi datiraju iz 4. stoljeća prije Krista. Grad je kroz stoljeća morao mnogo izdržati, razdoblja mira izmjenjivala su se s ratovima, izgradnja s razaranjima, prosperitetom i propadanjem.
Bukhara je drevni grad
Znanstvenici identificiraju sljedeće važne faze u povijesti grada: antička Buhara; antičko doba i srednji vijek; u ulozi prijestolnice kanata (do početka dvadesetog stoljeća); od vlasti Sovjeta do danas. Štoviše, ako ukratko govorimo o povijesti Buhare, dubinsko proučavanje omogućuje nam da izdvojimo kraća i važnija razdoblja, značajne događaje i datume unutar svake faze.
Već u davna vremena bio je to lijep grad s jedinstvenim rasporedom i elegantnim arhitektonskim strukturama. Srce Buhare je tvrđava Ark, u kojoj su živjeli predstavnici vlasti. Stambene četvrti nalazile su se neposredno izvan zidina tvrđave, zatim - trgovačko i zanatsko predgrađe.
Razdoblje antike
Prekrasan grad sa sjajnim izgledima više je puta postao predmet snova bliskih i udaljenih sila. Gradom su vladali predstavnici perzijske dinastije Ahemenida, Aleksandar Veliki. Tada je, već u 5. stoljeću naše ere, Bukhara postala dio heftalitske države, 603. godine započelo je razdoblje života u sklopu sogdijske države.
U 7. stoljeću Arapi su došli u Buharu, povijest Buhare postaje neraskidivo povezana s islamskom kulturom, počinju se pojavljivati džamije, kultni kompleksi i obrazovne institucije. Osim toga, vlasti države Samanid odlučuju ovo naselje učiniti svojim glavnim gradom, u vezi s kojim se Buhara aktivno razvija i gradi.
13. stoljeće karakteriziraju stalne invazije mongolskih trupa, zauzimanje Buhare i protumongolske demonstracije građana. Pod Timurom je glavni grad premješten u Samarkand, u doba šejbanida ponovno je stekao status glavnog grada, ovaj put Buharskog kanata (XVI. Stoljeće), od 1740. - Buharski emirat.
Na prijelazu stoljeća
Do početka 19. stoljeća bio je jedno od važnih središta islamske vjeroispovijesti, lijep grad koji se brzo razvijao. Godine 1868. Bukhara je pala pod protektorat Ruskog Carstva, što nije moglo a da ne utječe na život mještana.
Istina, dvadeseto stoljeće ponovno uvodi vlastite prilagodbe u povijest Buhare i cijelog carstva u cjelini. Sovjetska vlast uspostavljena je na teritoriju Buhare i okolice tek 1920. U listopadu grad dobiva status Buharske republike, koja je, nažalost, kasnije podijeljena između tri republike (Uzbekistan, Turkmenistan i Tadžikistan). Od 1938. Bukhara ima status regionalnog središta Uzbekistana.