Prvi se put Novgorod spominje u ljetopisu 859. godine - ovaj se datum smatra polazištem za doba grada. 862 u "Priči o prošlim godinama" postoji priča o pozivu Varjaga u Rusiju. Najstariji od Varjaga koji je došao, Rurik, počeo je vladati u Novgorodu.
Početkom 11. stoljeća Novgorod se po svojoj strukturi nije razlikovao od drugih gradova Kijevske Rusije. No 1014. godine knez Yaroslav Mudri odbio je platiti danak Kijevu i Novgorod se zapravo osamostalio. Izgradnja kamenih zidova grada i kamene Sofijske katedrale počinje u Novgorodu.
U drugoj polovici 12. stoljeća Novgorođani su stekli pravo na veče - počeli su birati biskupa - najvišu crkvenu vlast. Do kraja 12. stoljeća Novgorođani su dobili pravo pozivati knezove iz bilo kojeg grada da vladaju i s njima sklope sporazum. Godine 1226. na novgorodsko prijestolje stupio je Aleksandar Yaroslavovich, koji je kasnije dobio ime Nevsky.
U XIV stoljeću grad se zvao Novgorodska republika i bio je jedna od najvećih i najbogatijih regija u Europi. Republika je uključivala teritorije sadašnje Novgorodske, Pskovske, Lenjingradske, Arhangelske regije i autonomne republike Komi i Kareliju. Većina otkrivenih slova brezove kore također pripada ovom vremenu. No, krajem 15. stoljeća Novgorođani se zaklinju na vjernost moskovskom knezu Ivanu III.
1570. Ivan Grozni stiže u Novgorod kako bi smirio građane, optužen za lažno osuđivanje želje da ode u Litvu. Gardisti su nekoliko tjedana razbijali i pljačkali Novgorod, a nekoliko tisuća stanovnika je ubijeno.
Početkom 17. stoljeća, za vrijeme nevolja u Rusiji, Novgorod su okupirali Šveđani, stanovništvo se smanjilo na 800 ljudi. U drugoj polovici 17. stoljeća Novgorod su naselili doseljenici iz Valdaija, Tikhvina i drugih okolnih gradova. U 18. stoljeću, s početkom izgradnje Sankt Peterburga, Novgorod konačno gubi trgovačku i gospodarsku važnost. Krajem 18. stoljeća Novgorod se počeo obnavljati prema općem planu. 1862. u gradu je otvoren spomenik Milenijum Rusije.
Tijekom Velikog Domovinskog rata nacisti su u kolovozu 1941. okupirali Novgorod. Dana 20. siječnja 1944. oslobodile su ga sovjetske trupe.
Godine 1959. Novgorod je proslavio 1100. godišnjicu postojanja.
