Rijeke Tadžikistana su potpuno tekuće i uglavnom pripadaju slivu Aralskog mora. A samo se nekoliko ulijeva u vode jezera Karakul ili rijeke Tarima.
Rijeka Amu Darja
Kanal Amu Darje prolazi kroz teritorij četiri zemlje odjednom - Afganistan, Tadžikistan, Uzbekistan i Turkmenistan. Ukupna duljina kanala je 2.400 kilometara. Od toga 1415 kilometara prolazi kroz državu. Izvor Amu Darje nastaje ušću dvije rijeke - Vakhsha i Pyanj. Ušće rijeke su vode Aralskog mora (na ušću tvori veliku deltu).
U blizini rijeke ima nekoliko pritoka. U prosjeku, Amu Darja prima vode Kafirnigana, Surkhandarye i Šerebada, kao i jednu lijevu pritoku - rijeku Kunduz. I dalje, do mjesta ušća, više nema pritoka. Vode rijeke aktivno se koriste, pa Amu Darja ne doseže Aralsko more. Upravo je to postao jedan od razloga njegovog isušivanja.
U vodama Amu Darje postoji dosta različitih vrsta riba: jasika; ćelavi čovjek; aralski som; deverika; sabrefish; srebrni šaran; Bijeli amur; mrziti.
Rijeka Vanj
Jedna od rijeka, čiji se kanal nalazi isključivo na teritoriju Tadžikistana. Desna je pritoka rijeke Pyanj. Ukupna duljina rijeke je 103 kilometra. Izvor nastaje spajanjem dviju rijeka - jedna se spušta s glečera na grebenu Vanch, druga s grebena Akademije znanosti (zapadna padina). Kanal prolazi između grebena Vanch i Darvaz.
Rijeka Kashkadarya
Teritorijalno, korito rijeke prolazi kroz zemlje Tadžikistan (regija Sughd) i Uzbekistan (regija Kashkadarya). Uobičajeno, rijeka ima tri imena: u gornjem toku - Obikhunda; srednji tok - Shinachasai; niža - Maimanakadarya.
Ukupna duljina kanala je 378 kilometara. Izvor rijeke nalazi se na nadmorskoj visini od 2960 metara, a čine je dvije neimenovane rijeke. Glavne pritoke: Akdarya (Aksu); Tanhidizadarya; Guzardarya.
Rijeka Muksu
Ukupna duljina kanala je 88 kilometara. Muksu se nalazi u regiji Jirgatal u Tadžikistanu. Izvor je ušće dviju rijeka: Seldara i Sauksoy (ledenjaci Fedchenko i Bolshoi Saukdar).
Rijeka Kuzylsu
Kyzylsu, što znači "crvena rijeka", protiče kroz teritorij Kirgizije i Tadžikistana. Izvor su padine Trans-Alajskog lanca. Ukupna duljina kanala je 235 kilometara. Na ušću u rijeku Muksu izvire u rijeku Vakhsh.
Rijeka Vakhsh
Ukupna duljina riječnog kanala je 786 kilometara, a svi prolaze teritorijom Tadžikistana. Izvor rijeke nalazi se na obroncima Pamira, ali mjesto njezina ušća u vode rijeke Pyanj dovodi do velike Amu Darje. Rijeka je glavni izvor navodnjavanja, ali i proizvodnje energije.
