Rijeke Madagaskara imaju brzake. Sve glavne riječne otoke teku od istoka prema zapadu.
Rijeka Betsibuka
Korito rijeke nalazi se u sjeverozapadnim zemljama otoka. Ukupna duljina struje je 525 kilometara. A ovo je jedna od najvećih otočnih rijeka. Betsibuku karakterizira prepoznatljiva crvenkasto-smeđa boja vode. Objašnjenje ovog fenomena vrlo je jednostavno - vode rijeke sadrže veliki volumen sedimenata koje rijeka nosi u more.
Izvor rijeke nalazi se u središtu otoka (sjeverno od provincije Antananarivo). Rijeka nastaje na ušću dvije rijeke - Amparihibe i Dzabu. Nakon toga Betsibuka kreće na sjever uzimajući vode rijeke Ikupa (u blizini grada Maevatanana). Betsibuca se ulijeva u vode zaljeva Bumbetuca (tjesnac Mozambik), tvoreći deltu kada padne. Korito rijeke plovno je 130 kilometara od mjesta ušća.
Crvenkasto-smeđa nijansa vode u rijeci znak je ekološke katastrofe. Krčenje šuma površine otoka ubrzalo je proces erozije tla. Zbog toga je ukupna količina zemlje koju ispire voda nevjerojatno velika. A budući da su to većinom crvena lateritska tla, otuda i sjena vode.
Talozi koje rijeka nosi u svojim vodama talože se na dnu ušća Betsibuka. I to je jedan od razloga zamuljivanja dna uvale Bumbetuka. Iz tog je razloga luka grada Mahajanga, koja se ovdje nalazi, premještena na vanjsku obalu otoka, budući da je postojala prijetnja iskrcavanja prekooceanskih brodova.
Rijeka Mangoki
Rijeka protiče kroz zemlje jugozapadnog dijela otoka. Ukupna duljina struje Mangoki iznosi 564 kilometra. I to je najduža rijeka na Madagaskaru.
Izvor se nalazi u provinciji Fianarantsoa (padine Središnjeg grebena). Rijeka tada teče prema zapadu, prolazeći kroz zemlje pokrajine Tuliara. Mjesto ušća su vode Mozambičkog tjesnaca (u blizini grada Morombe). Kad se ulije u nju, tvori veliku deltu.
Mangoki kanal prolazi kroz težak teren. Južni dio delte bogat je barijernim otocima, plićacima i naplavinama. Sjeverni dio delte nudi brojne močvare i mangrove.
Rijeka Maninguri
Rijeka Maninguri nalazi se u istočnom dijelu Madagaskara i ima ukupnu duljinu od 260 kilometara. Izvor rijeke je u jezeru Alautra. Ukupna površina sliva iznosi 12 645 četvornih kilometara. Rijeku karakterizira burna struja. Mjesto ušća su vode Indijskog oceana (u blizini grada Ampasina).
